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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Hortaliças. Para informações adicionais entre em contato com cnph.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Hortaliças. |
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Data corrente: |
09/08/2022 |
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Data da última atualização: |
11/08/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MARTINS, T. P.; REGO, C. M.; NAKASU, E. Y. T.; FERNANDES, F. R.; INOUE-NAGATA, A. K. |
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Afiliação: |
T. P. MARTINS, UNIVERSIDADE DE BRASÍLIA; C. M. REGO, UNIVERSIDADE DE BRASÍLIA; ERICH YUKIO TEMPEL NAKASU, CNPH; FERNANDA RAUSCH FERNANDES, CNPTIA; ALICE KAZUKO INOUE NAGATA, CNPH. |
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Título: |
A high viral diversity in tomato crops in Brazil is revealed by next generation sequencing analyses. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Acta Horticulturae, v. 1316, p. 99-105, 2021. |
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ISSN: |
2406-6168 |
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DOI: |
10.17660/ActaHortic.2021.1316.14 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Edition of Proceedings of the VI International Symposium on Tomato Diseases: Managing Tomato Diseases in the Face of Globalization and Climate Change. |
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Conteúdo: |
Tomato is planted in Brazil mainly for fresh consumption and tomato paste production. Among the various pathogens that infect tomato plants in Brazil, viruses are particularly important due to their high incidence and the resulting losses caused. Diagnosis of viral diseases usually relies on detection methods directed to known viruses and close variants, either by serology or nucleic acid hybridization/ amplification. However, the advent of next generation sequencing (NGS) facilitated a deep analysis of viral populations, which can be used for identification, assembly and discovery of new viruses. Aiming to estimate the viral diversity present in tomato crops from three states of Brazil, five composite leaf samples were analyzed using NGS. The samples referred as Braz (collected in the Federal District, 2015); Ahol, Toca1, and Toca2 (São Paulo State, 2014), and RNY2 (Minas Gerais State, 2013) were submitted to semi-purification of viral particles and RNA extraction before RNA-seq (Illumina). The reads were filtered for quality, the contigs assembled (Velvet algorithm), and submitted to MegaBLAST analysis against a virus reference sequences database. These samples were collected from plants showing symptoms such as mosaic, chlorosis, leaf curling, chlorotic spots, necrosis and stunting. Known viruses belonging to nine genera, Crinivirus, Begomovirus, Tospovirus, Tobravirus, Potyvirus, Tobamovirus, Tymovirus, Potexvirus and Cucumovirus, were detected. Potentially undescribed and unreported viruses in tomatoes, such as an amalgavirus and an ilarvirus, were also detected and are under confirmation. The conclusion was that there is a high virus diversity present in tomato plants in Brazil, making tomato production a challenge to the growers. The crinivirus, Tomato chlorosis virus, was the most frequently found within the samplings, suggesting that it is widespread in the major tomato production areas. Two begomoviruses were detected, implying that this strategy is also useful to detect viruses with a DNA genome. Finally, this technique was particularly convenient to identify the viruses coexisting in tomatoes and to find unknown viruses that may threaten the tomato production in the country. MenosTomato is planted in Brazil mainly for fresh consumption and tomato paste production. Among the various pathogens that infect tomato plants in Brazil, viruses are particularly important due to their high incidence and the resulting losses caused. Diagnosis of viral diseases usually relies on detection methods directed to known viruses and close variants, either by serology or nucleic acid hybridization/ amplification. However, the advent of next generation sequencing (NGS) facilitated a deep analysis of viral populations, which can be used for identification, assembly and discovery of new viruses. Aiming to estimate the viral diversity present in tomato crops from three states of Brazil, five composite leaf samples were analyzed using NGS. The samples referred as Braz (collected in the Federal District, 2015); Ahol, Toca1, and Toca2 (São Paulo State, 2014), and RNY2 (Minas Gerais State, 2013) were submitted to semi-purification of viral particles and RNA extraction before RNA-seq (Illumina). The reads were filtered for quality, the contigs assembled (Velvet algorithm), and submitted to MegaBLAST analysis against a virus reference sequences database. These samples were collected from plants showing symptoms such as mosaic, chlorosis, leaf curling, chlorotic spots, necrosis and stunting. Known viruses belonging to nine genera, Crinivirus, Begomovirus, Tospovirus, Tobravirus, Potyvirus, Tobamovirus, Tymovirus, Potexvirus and Cucumovirus, were detected. Potentially undescribed a... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
HTS; Next Generation Sequencing; Sequenciamento de nova geração; Virome. |
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Thesagro: |
Tomate; Vírus. |
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Thesaurus Nal: |
Solanum lycopersicum. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
LEADER 03214naa a2200289 a 4500
001 2145363
005 2022-08-11
008 2021 bl uuuu u00u1 u #d
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500 $aEdition of Proceedings of the VI International Symposium on Tomato Diseases: Managing Tomato Diseases in the Face of Globalization and Climate Change.
520 $aTomato is planted in Brazil mainly for fresh consumption and tomato paste production. Among the various pathogens that infect tomato plants in Brazil, viruses are particularly important due to their high incidence and the resulting losses caused. Diagnosis of viral diseases usually relies on detection methods directed to known viruses and close variants, either by serology or nucleic acid hybridization/ amplification. However, the advent of next generation sequencing (NGS) facilitated a deep analysis of viral populations, which can be used for identification, assembly and discovery of new viruses. Aiming to estimate the viral diversity present in tomato crops from three states of Brazil, five composite leaf samples were analyzed using NGS. The samples referred as Braz (collected in the Federal District, 2015); Ahol, Toca1, and Toca2 (São Paulo State, 2014), and RNY2 (Minas Gerais State, 2013) were submitted to semi-purification of viral particles and RNA extraction before RNA-seq (Illumina). The reads were filtered for quality, the contigs assembled (Velvet algorithm), and submitted to MegaBLAST analysis against a virus reference sequences database. These samples were collected from plants showing symptoms such as mosaic, chlorosis, leaf curling, chlorotic spots, necrosis and stunting. Known viruses belonging to nine genera, Crinivirus, Begomovirus, Tospovirus, Tobravirus, Potyvirus, Tobamovirus, Tymovirus, Potexvirus and Cucumovirus, were detected. Potentially undescribed and unreported viruses in tomatoes, such as an amalgavirus and an ilarvirus, were also detected and are under confirmation. The conclusion was that there is a high virus diversity present in tomato plants in Brazil, making tomato production a challenge to the growers. The crinivirus, Tomato chlorosis virus, was the most frequently found within the samplings, suggesting that it is widespread in the major tomato production areas. Two begomoviruses were detected, implying that this strategy is also useful to detect viruses with a DNA genome. Finally, this technique was particularly convenient to identify the viruses coexisting in tomatoes and to find unknown viruses that may threaten the tomato production in the country.
650 $aSolanum lycopersicum
650 $aTomate
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700 1 $aNAKASU, E. Y. T.
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700 1 $aINOUE-NAGATA, A. K.
773 $tActa Horticulturae$gv. 1316, p. 99-105, 2021.
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Registro original: |
Embrapa Hortaliças (CNPH) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
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Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
21/12/1995 |
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Data da última atualização: |
06/05/2022 |
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Autoria: |
PEDROSO JUNIOR, M. |
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Afiliação: |
MOACIR PEDROSO JUNIOR, CNPTIA. |
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Título: |
Informática e desenvolvimento de software na EMBRAPA. |
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Ano de publicação: |
1995 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SEMINÁRIO INTERNACIONAL DE INFORMATIZAÇÃO DA AGROPECUÁRIA, 1995, Juiz de Fora. Documentos de referência: guia de software agropecuário. Juiz de Fora: [s.n.], 1995. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
AgroSoft'95. |
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Conteúdo: |
RESUMO: A EMBRAPA é uma instituição de pesquisa agropecuária, responsável pela coordenação, nos País, do Sistema Nacional de Pesquisa Agropecuária - SNPA. Desde sua criação em 1972, a EMBRAPA reconhece a importância e utiliza os recursos de informática com o objetivo de aumentar a eficiência e eficácia de sua atuação, enfatizando seu uso para alavancar ações da pesquisa e desenvolvimento tecnológico do setor agrícola. A execução de pesquisa agropecuária avançada, essencial para a competitividade internacional do setor produtivo, requer métodos sofisticados de matemática e estatística, cuja utilização se dá através de produtos de software. Como estes produtos de software podem concorrer criticamente para a competitividade do setor, o Brasil não deve ignorar as regras de mercado sobre a distribuição controlada por detentores destas tecnologias, freqüentemente estrangeiros. Compete, pois, à EMBRAPA promover ações para garantir a capacidade do País em encontrar e desenvolver soluções próprias para a pesquisa agropecuária. Neste trabalho é apresentado um resumo da utilização da informática pela EMBRAPA, sob a perspectiva histórica, seus principais esforços para o desenvolvimento de software e são enumeradas algumas das técnicas de matemática e informática relevantes ao avanço cientifico e tecnológico da pesquisa agropecuária.CNPTIA/EMBRAPA. |
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Palavras-Chave: |
Desenvolvimento de software na EMBRAPA; Informatica na EMBRAPA. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
LEADER 02024naa a2200169 a 4500
001 1002244
005 2022-05-06
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100 1 $aPEDROSO JUNIOR, M.
245 $aInformática e desenvolvimento de software na EMBRAPA.
260 $c1995
300 $aNão paginado.
500 $aAgroSoft'95.
520 $aRESUMO: A EMBRAPA é uma instituição de pesquisa agropecuária, responsável pela coordenação, nos País, do Sistema Nacional de Pesquisa Agropecuária - SNPA. Desde sua criação em 1972, a EMBRAPA reconhece a importância e utiliza os recursos de informática com o objetivo de aumentar a eficiência e eficácia de sua atuação, enfatizando seu uso para alavancar ações da pesquisa e desenvolvimento tecnológico do setor agrícola. A execução de pesquisa agropecuária avançada, essencial para a competitividade internacional do setor produtivo, requer métodos sofisticados de matemática e estatística, cuja utilização se dá através de produtos de software. Como estes produtos de software podem concorrer criticamente para a competitividade do setor, o Brasil não deve ignorar as regras de mercado sobre a distribuição controlada por detentores destas tecnologias, freqüentemente estrangeiros. Compete, pois, à EMBRAPA promover ações para garantir a capacidade do País em encontrar e desenvolver soluções próprias para a pesquisa agropecuária. Neste trabalho é apresentado um resumo da utilização da informática pela EMBRAPA, sob a perspectiva histórica, seus principais esforços para o desenvolvimento de software e são enumeradas algumas das técnicas de matemática e informática relevantes ao avanço cientifico e tecnológico da pesquisa agropecuária.CNPTIA/EMBRAPA.
653 $aDesenvolvimento de software na EMBRAPA
653 $aInformatica na EMBRAPA
773 $tIn: SEMINÁRIO INTERNACIONAL DE INFORMATIZAÇÃO DA AGROPECUÁRIA, 1995, Juiz de Fora. Documentos de referência: guia de software agropecuário. Juiz de Fora: [s.n.], 1995.
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Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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